小豆豆们在最初的时候，什么都不懂。当他们长到小米粒大的时候，他们才有了知觉和想法，这些想法就是问号国，问号国所产生出来的就是疑惑与不信。问号国就在豆豆们的心里，只不过有的豆豆听豆秧妈妈的话，问号国就渐渐地从他们的心中消失了。而那些不听妈妈话的豆豆，问号国就在他们的心中掌权并且扩张，直到他们变成一个个没用的瘪豆豆。然后被狂风吹得满世界乱跑，一刻也不得安宁。
豆秧妈妈常常对他们说：“你们不要烦恼，有一天你们会到另一个世界，那里有阳光，有凉爽的风抚摸你们，还有许多彩色的让你们吃惊的物质。还有许多许多让你们感到幸福和快乐的事情发生在你们身上。”可是总有这么几个小豆豆们却怎么也不相信。
在豆荚皮包裹的黑暗世界中，这几个活在问号国的小豆豆们常感到害怕。每当大风吹来的时候，或是大雨点敲击着豆荚皮的时候，他们就在里面打哆嗦，生怕被击碎。而当阳光非常强烈的正午，小豆豆们又觉得酷热难熬，他们彼此报怨，有的甚至还说：“活着真是一件痛苦的事情，还不如死了呢？”有的豆豆就报怨豆秧妈妈不该把他们生出来。妈妈总是很耐心地跟他们说：“你们只管欢欢喜喜地忍耐，好好地吃饭。等你们长大了，就会从这个小黑壳子冲出去。那时，就是另一番境界了。”可是小豆豆却怎么也不相信。他们心里都充满了问号。这些问号总是在他们的心中对他们说：“怎么能有这事呢？为什么会是这样呢？你从来都没有经历过怎么能随便相信呢？”因此，这些豆豆就不能很好地成长，他们因为胆怯和对未来的担忧，总是不肯好好地吃饭，所以他们一个个又瘦又瘪，脸色枯黄。
有一天，一条虫子突然从外面钻进来，小豆豆吓得缩紧身子。虫子对他们说：“不要害怕，我是来拯救你们的，你们必须要进我的肚子，才能获得生命。”小豆豆不相信虫子的话。虫子饿极了，不等他们愿意，扑上去就去咬一个小豆豆，其他的豆豆们闭住眼睛不敢再看了。虫子吃饱后，呼呼地睡大觉了。豆豆们吓得浑身发抖，豆秧妈妈说：“你们快快吃饭，赶紧长大，好把这只虫子挤出去，否则等他醒来饿了还要吃你们。”可是小豆豆不相信妈妈的话，他们心里的问号又告诉他们：“我能长大吗？长大了难道真的能把虫子赶出去吗？如果赶不出去呢？”小豆豆们只是不停地发抖，更不想吃饭了，所以他们越来越瘦了。过了好几天，虫子醒来了，他虽然有些饿，但是看见豆豆们瘦骨嶙峋，枯黄消瘦的样子，再也没有了食欲，就从洞中爬了出去，又去吃别的豆豆了。
等虫子完全爬出去后，一个豆豆对另一个说：“当个虫子多好啊，想走就能走，不像我们，终日一动不动地呆在这里，麻烦死了。”另一个说：“是啊，活得真是没意思，一点快乐都没有，为什么灾难这么多呢？不是风就是雨，不是热就是冷，要么就是虫子咬，活着就是为了遭受痛苦吗？”豆秧妈妈听了他们的话，非常难过，她说：“孩子们，你们为什么不信我的话呢？你看你们现在成了什么样子了？你们若是再不好好吃饭，不光是虫子不吃你们了，你们将会一点用处都没有，整天被大风吹来吹去的比现在更可怜。”可是小豆豆听了妈妈的话，不仅不好好地吃饭，反而更觉得害怕了，他们时刻想着被大风吹来吹去的情景，越想越觉得活着的可怕和悲哀。
两个豆豆商量：“如果是这样，咱们还不如早点死了呢？”可是豆豆除了绝食就再也找不出别的自杀的方法了。他们就决定绝食。豆秧妈妈非常爱他们，努力地把营养输送给他们。尽管他们想绝食，但终究也没有死亡。
秋天到了，其它的豆豆们由于每天欢喜快乐地吃饭，所以长得非常丰满壮实。当正午强烈的阳光晒着豆荚的时候，他们全都噼里啪啦地蹦了出来。这些饱满的豆豆们躺在暖和的泥土中，看着蓝天白云，享受着凉爽的秋风，个个心花怒放。而问号国里的豆豆们，听见了外面热闹的声音，心中更是充满了恼恨和愁烦，因为他们已经没有机会吃饭了。现在他们很后悔，他们恨自己心中的问号，害得他们不能像正常的豆豆们享受生活。
豆荚妈妈看着这些不信她话的孩子们说：“傻孩子，你们为什么不早一点把心中的疑惑和不信除掉呢？你们的妈妈怎么能骗你们呢？你们从虫子咬掉的洞往外看，看一看其它的豆豆们，你们看他们的身体多壮实啊！将来，他们会生出来更多的豆豆，而你们却会被大风吹来吹去，你们会孤独而悲惨地流浪一生。”
此时，瘪豆豆们只能哭泣流泪，但是已经晚了。当更大的秋风吹来，他们在寒风和冷露中瑟瑟发抖。忽然，一股大风把豆荚吹断，他们离开了豆秧妈妈，被卷起来一直跑啊跑啊。他们张着小手，使劲乱抓，可是，除了抓住了满手的狂风，其它的他们一无所有。